A la question : "Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ?", Zain, 12 ans, répond : "Pour m'avoir donné la vie !".
Enfant des rues, le jeune Zain vit d'expédients dans un quartier misérable de Beyrouth avec sa famille. Le garçon livre les commandes de ses voisins, essaie de soutirer quelques pièces aux automobilistes, aide sa mère à trafiquer des médicaments stupéfiants. Au cours d'une fugue, il rencontre Rahil, une immigrée éthiopienne sans papiers et son bébé Yonas ; en l'absence de Rahil, le préadolescent s'occupe comme un frère du tout jeune Éthiopien qui, autrement, serait mort de faim.
Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer. Un film coup de poing, tendre et douloureux.